Такое может быть по двум причинам:
1. Плагины обновляются, но запись в реестре не меняется
2. У вас установлено каким-то образом две версии ModPlus
Проверьте, что после обновления версии соответствуют друг другу и соответствуют той версии, которая написана в окне обновления:
С недавнего времени принято место для установки в %AppData% как основное. Это связано с правами доступа на запись в папку - в %AppData% доступ точно должен быть.
Кстати, это тоже может оказаться причиной - каким-то образом файлы при обновлении могут не перезаписываться.
Рекомендуется переустановить в %AppData%. Для этого можете скачать веб установщик и в нем есть такая функция. Новость по теме -
modplus.org/ru/news/movetoappdata