К сожалению, после удаления в реестре остается очень много "хвостов". Конечно же эту программу надо ставить с отслеживанием изменений в реестре, иначе потом концов не найти.
А какую папку еще надо удалить, где она находится? Я конфигуратор скачал в директорию для скачивания, там же разархивировал архив и оттуда же запустил исполняемый файл. Папку, в которой находился исполняемый файл я удалил. А про какую папку Вы говорите?