"Разные колонны, не совпадают по оси" - никогда таких ошибок не допускал. Да и с подобной проблемой сталкиваюсь не первый раз. Хотя армирование приходится выполнять нечасто. Полагаю, что проблема в Revit, в связях между объектами. Верхние колонны создал копированием с нижнего этажа, это могло оказать влияние. Беда в том, что для экспериментов нет времени.
Возможно позже попробую создать несколько вариантов создания колонн, также задам смещение, в общем поэкспериментирую.
Повторю важную проблему, "Защитный слой" и то что арматура тянется за объектами и произвольно меняет положение, а хомуты размеры. Закрепление арматуры не работает, она все равно меняет геометрию. Когда объект небольшой, это ещё можно править, на большом лучше армировать с помощью инструментов Revit.