Не знаю, что это было, но в итоге снова все заработало. Попробовал печатать без объединения, что-то потыкал и все заработало.
UPD. Точнее, добавил номер листа в формирование одиночного PDF, что позволило не создавать файлы с одинаковым названием. Все время забываю, что название одиночного PDF связано с объединенным.
Наверное, тему можно удалить, а можно и просто закрыть, может кто-то с таким тоже сталкивался.