И снова я ничего не понял, но чувствую, что Вы мыслите как-то не так)
ModPlus (и все его файлы) находится в одной папке. К автокаду "подключается" всего один файл - основной, если можно так его назвать. А вот, чтобы этот файл подключался всегда автоматически нужно в реестре для требуемой версии автокада прописывать свою функцию